[BallsShaped]

ну и если так -ничего не помешает запустить вредоносный через таймаут

Так нет, меня как раз волнует, что можно изменить нативные методы перед выполнением страницы.

Думаю отличить нативную функция от скиптовой труда не составит.

Наивный:

var replaceNativeFunction = new function (){
  var functionList = [],
      originalList = [];

  function replaceNativeFunction( object, methodName, newMethod ){
    functionList.push( newMethod );
    originalList.push( object[ methodName ] );
    object[ methodName ] = newMethod;
  };

  replaceNativeFunction.getOriginal = function ( method ){
    var index = functionList.indexOf( method );
    return originalList[ index ];
  };

  replaceNativeFunction( Function.prototype, "toString", function ToString(){
      if( this.toString == ToString )
        return replaceNativeFunction.getOriginal( ToString ).call( replaceNativeFunction.getOriginal( this ) );
      return this.toString();
    } ); 

  return replaceNativeFunction;    
};

replaceNativeFunction( window, "alert", function newAlert( message ){
  var originalAlert = replaceNativeFunction.getOriginal( newAlert );
  originalAlert( message );
  originalAlert( "Trololo!!!" );
} );

alert( alert.toString() );