Заводишь видимую в обеих функциях переменную-флаг.
var busy = false;
перед ajax-запросом устанавливаешь ее в true. После выполнения запроса (в обработчике success или error или как там в jquery) выставляешь ее в false.
а по onscroll проверяешь ее:
if (busy)
return;