el.style.opacity - меняем скриптом от 1 до 0. Поищите готовые функции или библиотеки для анимации. Если mootools подключается - можно его возможности использовать.
С мутулзом давно не работал, код может не работать:
$(elwrap).set('tween',{
duration: 500
});
$(elwrap).tween('opacity', 0);
http://www.mootorial.com/wiki/mootor...fx/01-fx.tween