[Hoshinokoe]

Gesandte,

На сколько я вижу вы неправильно используете queue метод.
Попробуйте вместо него добавить обычный коллбэк в animate.

$("a.close").click(function () {
    var el = $(this).parent('div.portfolio__content');
    $(el)
    .animate({ height: width, top: y }, 300)
    .delay(100)
    .animate({ width: '20%', left: x }, 300, function () {
        $(el).removeClass('active');
        $(el).removeAttr('style');
    });
            
    return false;
});