[dmitry111]

Твоя логика становится неотделима от интерфейса, а интерфейс неотделим от логики, меняя что-то одно, ты вынужден менять и всё остальное, ферштейн?

ну а как же по другому? Ведь все чем манипулирует js - это и есть элементы.
Или лучше делать так чтобы все элементы присваивались переменным в самом верху и манипулировать только этими переменными
Что-то вроде:

var a = document.getElementById("x"),
      b = document.getElementById("y"),
      c = document.getElementsByTagName("li");

// а уже дальше не обращаться напрямую к DOM, а манипулировать только переменными:

function goA () {   
}
function goB () {
}

при таком подходе все элементы назначаются вверху