Все таки не нашел решения..
Скролл документа пропадает если задать боди overflow: hidden
element.onmousewheel = function () {
document.body.style.overflow = 'hidden';
};
Может возможно как то запретить скролл во всем документе, кроме конкретного элемента по-другому (без использования стилей)?