[DjDiablo]

Самый логичный подход файловая система.

вместо папки с именем пользователя можно хранить все файлы в одной папке с именем номерФайла.zp или каким нибудь другим сгенерированным именем. А связь файла и пользователя можно установить в таблице в бд.

На самом деле файлам нужно в любом случае менять хотябы расширение, иначе я могу залить .php скрипт и выполнить его на твоём серваке


Кстатии в том чтобы хранить архивы в бд нет нечего страшного и запретного, среди серверных программистов постоянно холивар на этутему. Хотя решение хранения в бд не слишком популярно, некоторые его успешно применяют.