[ruslan_mart]

dima***, что не совсем понял, тоесть сравнить значения первого массива в массиве и значение второго массива в массиве?

var a = [[1,2,3],[0,2,4]]
for(i=0;i<a[0].length;i++)
{
   if(a[0][i] == a[1][i])
   {
      alert('значение '+a[0][i]+' первого массива совпало со значением '+a[1][i]+' второго массива');
   }
}