Разобрался, просто ползунок ресайза уходил вверх, он не пропадал, а надо было перемотать скроллинг вверх, тогда можно было ресайзить. Я обернул все внутренности в еще один див и подставил коррекцию высоты. Всё работает, всем спасибо!
<script src="http://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.8.3/jquery.min.js" type="text/javascript"></script>
<script type="text/javascript" src="http://code.jquery.com/ui/1.9.2/jquery-ui.js"></script>
<link rel="stylesheet" href="http://code.jquery.com/ui/1.9.2/themes/base/jquery-ui.css" />
function myFu() {
$('#inner').append('<p>aaaaaaa</p>');
$("#content").animate({ scrollTop: $('#inner').height() }, 500);
$("#content").css("height", "100%");//вот она, рыба моей мечты
}
</script>
<a href="#" onclick="myFu();return false">aaaa</a>
<div id="outer" style="position: fixed;height:250px; bottom: 0px; border: 1px solid black; width: 99%">
<div id="content" style="overflow:auto;border: 1px solid black; width: 100%">
<div id="inner">
<p style="padding-bottom:10px;">123</p>
<p style="padding-bottom:10px;">123</p>
<p style="padding-bottom:10px;">123</p>
<p style="padding-bottom:10px;">123</p>
</div>
</div>
</div>
<script>
//это чтобы при загрузке работало
$(document).ready(function () {
$("#outer").resizable({ animate: true, handles: 'n' });
})
</script>