[monolithed]

мне кажется (как новичку) или git действительно слишком сложен?

Как и любым другим приложением им просто нужно начать пользоваться.

К примеру, если взять и разобрать команду выше:

git rm -rf --cached -- /usr/home...

Нам нужно что-то удалить?
в *nix-системах принято использовать команду rm, смотрим есть ли такая в git:

git rm --help

Ключ --help нужен для отмены действий по-умолчанию и вызова хелпера.

Тут же мы увидим список ключей, среди которых есть нужный:

--cached
           Use this option to unstage and remove paths only from the index. Working tree files, whether modified or not, will be left alone.

Далее вспоминаем, что для рекурсивного удаления каталогов в *nix-системах используется ключ -r, а для подавления предупреждений ключ -f, смотрим:

man rm

-f          Attempt to remove the files without prompting for confirmation, regardless of the file's permissions.  If the file does not exist, do not dis-
                 play a diagnostic message or modify the exit status to reflect an error.  The -f option overrides any previous -i options.

-r          Attempt to remove the file hierarchy rooted in each file argument.  The -R option implies the -d option.  If the -i option is specified, the
                 user is prompted for confirmation before each directory's contents are processed (as well as before the attempt is made to remove the direc-
                 tory).  If the user does not respond affirmatively, the file hierarchy rooted in that directory is skipped.

git rm --help

-f, --force
           Override the up-to-date check.
-r
           Allow recursive removal when a leading directory name is given.

PS: все команды и ключи git выучить наизусть конечно не получиться, для это есть хелпер