[рони]

Telnet,
ваш код практически рабочий с учётом моего замечания - только массивы нигде не используются, замените их на {}
Возможный вариант ...

var groups = {};
		$("ul").each(function(index, element){
			var groupName = $(element).attr("id");
            groups[groupName] = [];
			rules = new Object();
			$(element).children().each(function(i, li){
				var arrLi = {};
				arrLi["id"] = $(this).attr("user-id");
				arrLi["name"] = $(this).text();
				groups[groupName].push(arrLi);
			});

		});