Не могло так получится и нумерация элементов массива начинается с нуля:
var table = [
[0, 0, 0, 0, 0],
[0, 0, 0, 0, 0],
[0, 0, 0, 0, 0],
[0, 0, 0, 0, 0]
];
table[2][0] = 1;
alert(table.join("\n"));
Ваша ситуация могла произойти только в подобном случае:
var array = [0, 0, 0, 0, 0];
var table = [array, array, array, array];
table[2][0] = 1;
alert(table.join("\n"));
потому что массив, как объект, передается по ссылке, а не копируется.