[FoxTrix]

решил проблему, нужно было дописать

-webkit-perspective: 600px;

в CSS родительского элемента, и поставить perspective: '0px' в

window.onload = function() {$("#container2").transition({perspective: '600px', rotateY: '180deg'}, 0);}
$("#button").click(function() {
	$("#container").transition({perspective: '0px', rotateY: '180deg'}, 500);
	$("#container2").transition({perspective: '0px', rotateY: '360deg'}, 500);
	setTimeout(function(){$("#container2").css("z-index", "3");}, 150);
});

видимо косяк плагина)