[Jex]

Проблема решена!
В качестве front-end перед сервером Apache используется Nginx, на котором настроена буферизация вывода. В моем случае изменить настройки Nginx невозможно.
Однако буфер Nginx можно заполнить информацией размером 64Кб, которая не будет выводиться пользователю (заполнение пробелами):

ob_implicit_flush(1);
for($i=0; $i<10; $i++)
{
     echo $i;
     //this is for the buffer achieve the minimum size in order to flush data
     echo str_repeat(' ',1024*64);
     sleep(1);
}

Надеюсь, это кому-нибудь пригодится.
comet, echo, gzip, output_buffering, flush, sleep, apache, nginx, php.ini, .htaccess