[Deff]

просто мне нужна отдельная переменная с русским текстом.

У Вас var txt каждый раз присваивается message в цикле и однократная обработка последним .replace(/C/g,"Ц")

var lit_eng = Array(/e'/g, /E'/g, /sh/g, /sch/g, /zh/g, /ch/g, /ya/g, /ja/g, /ye/g, /je/g,
		    /yu/g, /ju/g, /yo/g, /jo/g, /y/g, /j/g, /u/g, /k/g,
		    /e/g, /n/g, /g/g, /z/g, /h/g, /#/g, /f/g, /v/g,
		    /a/g, /p/g, /r/g, /o/g, /l/g, /d/g, /s/g,
		    /m/g, /i/g, /t/g, /'/g, /b/g, /c/g, /SH/g, /SCH/g,
		    /YA/g, /JA/g, /ZH/g, /CH/g, /YE/g, /JE/g, /YU/g, /JU/g,
		    /YO/g, /JO/g, /Y/g, /J/g, /U/g, /K/g, /E/g, /N/g,
		    /G/g, /Z/g, /H/g, /F/g, /V/g, /A/g, /P/g,
		    /R/g, /O/g, /L/g, /D/g, /S/g, /M/g, /I/g,
		    /T/g, /B/g, /C/g);
	    var lit_rus = Array("э", "Э", "ш", "щ", "ж", "ч", "я", "я", "е", "е",
		    "ю", "ю", "ё", "ё", "ы", "й", "у", "к",
		    "е", "н", "г", "з", "х", "ъ", "ф", "в",
		    "а", "п", "р", "о", "л", "д", "с",
		    "м", "и", "т", "ь", "б", "ц", "Ш", "Щ",
		    "Я", "Я", "Ж", "Ч", "Е", "Е", "Ю", "Ю",
		    "Ё", "Ё", "Ы", "Й", "У", "К", "Е", "Н",
		    "Г", "З", "Х", "Ф", "В", "А", "П",
		    "Р", "О", "Л", "Д", "С", "М", "И",
		    "Т", "Б", "Ц");

	        var message = "asdasdsadakjl ,kmljfogopdf";
	        var txt=message;
	        for (var i = 0; i < lit_eng.length; i++) {
	           txt = txt.replace(lit_eng[i], lit_rus[i]);
	        }

                alert(txt);