thegreatwhitedope, а вы уверены, что дело именно header, потому что он должен там определятся, я протестировал этот код у себя, у меня не срабатывал animate, с такими параметрами как у вас, я пробовал вот так, отрабатывает:
$('.magic-box').hover(function(){
$(this).animate({"font-size":"20pt"}, 300);
header.animate({"font-size":"1pt"}, 300);
}, function(){
$(this).animate({"font-size":"10pt"}, 300),
header.animate({"font-size":"10pt"}, 300);
});