<div id="SavScript"></div>
<script type="text/javascript">
var src="http://code.jquery.com/jquery-latest.js";
var a=document.createElement('script');
a.setAttribute('src',src)
document.getElementById('SavScript').appendChild(a);
</script>
<script type="text/javascript">
alert('Загрузили и выполнили\n'+$("#SavScript").html());//Исполняем функции файл 1;
</script>
<script type="text/javascript">
var src="Тут ссылка на файл2";
var a=document.createElement('script');
a.setAttribute('src',src)
document.getElementById('SavScript').appendChild(a);
</script>
<script type="text/javascript">
//Тут Исполняем функции файл 2;
</script>