[danik.js]

<script>
function tpl ( ch ) {
     var element = document.getElementById('short_story');
     element.innerHTML = element.innerHTML.replace( new RegExp(ch, 'g'), ['(', ')'].join( ch ) );
};
</script>
  
<div id="short_story">выделила пример он сделал (пример) выделила другой пример он сделал (другой пример)</div>
<input class="bbcodes_poll2" type="button" value="Год" onclick="tpl( getSelection() )" />

Можно по регулярке (шаблону) произвести замену, например:

<script>
function tpl ( ch ) {
     var element = document.getElementById('short_story');
     element.innerHTML = element.innerHTML.replace( ch, '($1)' );
};
</script>
  
<div id="short_story">выделила пример 1990 он сделал (пример) выделила  2010г другой пример он сделал (другой пример)</div>
<input class="bbcodes_poll2" type="button" value="Год" onclick="tpl( /([0-9]{4})/g )" />

Не проще ли выгрузить базу сайта (верней нужную таблицу) в sql файл и произвести замену через редактор? Или задача другая стоит?