По-моему, такого быть просто не может, чтобы на твоём сайте оказались вирусы, если ты сам их туда специально не загружал.
Более вероятно то, что недоброжелатели оклеветали твой сайт антивируснику - потому он так и написал.
У меня такое было. Однажды
http://www.siteadvisor.com и про мой сайт
http://ateist.spb.ru тоже почему-то написал, что на нём имеется вредоносное программное обеспечение.
Там есть опция "Оспорить рейтинг сайта". Я потребовал проверить весь мой сайт и признать, что на нём нет вредононсного программного обеспечения, что сайт просто кто-то из недоброжелателей, которому не понравились мои взгляды, оклеветал. После этого
http://www.siteadvisor.com признал мой сайт безопасным.