Ну если одновременно может быть 2 окна, то желательно переверстать, чтобы не было одинаковых id.
2 варианта:
1) Сделать заготовку (со стилем display: none) для модального окна в теле html, тогда при условии открытия окна мы сможем получить окно одной командой (читайте про
clone())
2) Сделать текстовую переменную, содержащую верстку, после этого добавлять её с помощью
append()