[danik.js]

Тоесть такие сайты, как Github и без Ajax и Histroy API могу работать?

Конечно. Можете даже JavaScript отключить - сайт будет работать.

Не могу понять, как вот такой адрес http://site.ru/main/about/ обработаться должен браузером

Почему браузером? Браузер ниче не должен обрабатывать.
Сервер делает внутренний редирект (за счет настройки apache или nginx) на /index.php?q=main/about, далее роутер приложения направляет запрос на нужный контроллер. Вот как-то так.