Я понял почему я не мог вас понять, у меня ваш код ведет себя по другому. Только что сделал пустую страницу, и она ведет себя так, как вы описывали.
<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01//EN" "http://www.w3.org/TR/html4/strict.dtd">
<html>
<head>
<script src="http://code.jquery.com/jquery-latest.js"></script>
</head>
<body>
<script>
$(document).ready(function(){
alert($(window).width()+'\n'+$(window).height()+'\n'+document.documentElement.clientHeight)
})
</script>
<div style="height: 600px; background-color: #bc8f8f">
Hello World
</div>
</body>
</html>