сделайте так чтобы внутри script.js получилось
setTimeout(function(){
// здесь старое содержимое script.js
},5000)
тоесть оберните содержимое script.js функцией setTimeout
И ещё один добрый совет, никогда не используйте генераторы плагинов, плагин должен настраиваться ручками и не как иначе. Сгенерированный плагин вас всегда будет ставить раком, так же как сейчас. Это для лохов решение.