функция setTimeout всего лиш указывает что через скока-то милисекунд выполнится функция, указанная первым параметром, но не останавливает скрипт.
При этом скрипт продолжает выполнятся дальше, до соответствующего момента, как ни в чем не бывало.
Если же поставить подряд два setTimeout, с одинаковой задержкой, то они выполнятся
одновременно
Ваш пример правильно надо записывать так
function t()//обратите внимание, здесь не нужна точка с запятой
{
setTimeout('document.write("H")', 1000)//выполнится через секунду
setTimeout('document.write("e")', 2000)//выполнится через две секунды
...