А что если юзер нажмет в окне ввода Отмена? В InputValue оказется null, у которого нет метода replace, и возникнет ошибка.
var inputValue = prompt('Бла');
if (!inputValue) {
// если нет значения, выходим.
return;
}
inputValue = inputValue.replace(/"([^"]+)"/g,'«$1»');
...