[Deff]

Дабы ускорить, - Переделать массивы в объекты(скриптом или изначально

var arr1={
 'А1' : 'яблоки',
 'А2' : 'груши',
 'А3' : 'апельсины',
 'А5' : '123'
}
var arr2={
 'А1' : 'грибы',
 'А2' : 'груши',
 'А3' : 'ананасы',
 'А4' : 'трусы',
 'А5' : '123'
}
var arrSumm ={} //массив совпадений
var Lng1 = arr1.length;
var Lng2 = arr2.length;
var a=arr1,b = arr2;
if(Lng2>Lng1){a=arr2;b = arr1};
var arrname="arr2"
for(var pos in a) {
  if(a[pos]===b[pos]) arrSumm[pos]=['Cовпадения с '+arrname+'> '+pos+':'+b[pos]]
}

for(var i in arrSumm) {
 alert(i+':'+arrSumm[i])
}