1. не нужен условный оператор в цикле, если заранее известно какую строку надо удалить.
2. нет надобности удалять элемент из той строки, которая все равно будет удалена
var arr = [[3,-4,6],[-11,71,0],[-4,-7,19]], t = 1 , e = 2 , l = arr.length;
arr.splice(t,1); --l; // можно было сразу l = arr.length-1
while (l--)
arr[l].splice(e,1);
alert(arr.join('\n'));