[rgl]

Нужно очень четко понимать различие, либо вы меняете что-то в объекте (как в вашем примере, меняете нулевой элемент массива), либо вы заменяете объект на другой.

var a = [1,2,3];
var b = a;
a = [99,2,3];
alert(b);