Мой вариант может показаться сложнее, но думаю что на больших текстах он будет работать быстрее, т.к. по тексту будет проходить один раз:
var text
var a = ['слово1', 'слово2'...];
var b = ['замена1', 'замена2'...];
var allReplaces = {};
for( var i = 0; i < a.length; ++i )
allReplaces[ a[i] ] = b[i];
text = text.replace( RegExp( a.join("|"), "g" ), function(x) { return allReplaces[x]; } );