С прорисовкой прямоугольников я разобрался. А вот с линиями не совсем понимаю.
Наверное надо рисовать линию на основной canvas после каждого движения мыши. Или я не прав.
canv.onmouseup = function(e)
{
if (Canva.drawing)
{
var evnt = ie_event(e);
Canva.tool.finish(evnt);
var img = Canva.ctx.getImageData(x, y, x1, y1);
var canv2 = document.getElementById('my_canvas2');
var ctx2 = canv2.getContext("2d");
ctx2.putImageData(img, x, y);
Canva.clear(800,500);
}
};