Вынести скрипты в отдельные файлы конечно можно, и сделать по файлу на обработчик тоже можно. Только не переусердствуйте с количеством файлов, т.к. каждый файл - запрос на сервер.
Чтобы подключить файл скрипта надо написать:
<script src="js/fileName.js"></sctipt>
Т.е мы указываем путь к файлу относительно текущего файла и название.