animhotep,
К примеру добавить какой нибудь метод для работы с элементом. Допустим добавить в прототип метод hide() скрывающий элемент и тогда можно будет любой элемент скрыть вызовом
el.hide()
Или допустим напишешь метод ajaxReload() который при вызове обновляет содержимое элемента данными с сервера
el.ajaxReload()
. Удобно однако
В общем прототип это объект содержащий методы и свойства доступные тем кто его наследует. Эти методы и свойства создаются только один раз а значит потребляется меньше памяти чем если бы ты в каждый объект добавлял аналогичные методы или свойства.