[danik.js]

Octane, блин, круто! Это действительно делает то, что мне нужно. Но это конечно очень грязный хак. Я не уверен что его можно использовать.
А есть еще подобные вариации для получения другого Array ?

$array уже не instance от Array

Так это понятно. Это и отражает суть задачи - прототипы должны быть разными. Следовательно мы не будем иметь instance от Array.

в зепто для этого есть специальный метод

Я вкурсе. Но jquery-плагинам это неизвестно )

alert( $.type( x ) == 'array' ); // true

Я о чем и говорю. Коллекция zepto - массив. Коллекция jquery - объект.
В плагинах бывает проверка через $.type и поведение jquery и zepto тут будет разным.