Как генерировать окно с помощью php? При загрузке страницы? Тогда в него все равно надо будет подставить результаты ajax-запроса. Генерировать в ajax-запросе? Если окно будет выводится еще и без ajax-запросов, то будет 2 версии (javascript, php): при изменении одной надо будет корректировать другую (так делать не стоит)
1) можно генерировать изначально невидимый каркас с помощью php, а содержимое подставлять с помощью javascript. Но тогда код, относящийся к окну будет в 3-х файлах (php-шаблон, javascript, css) и надо будет не забывать, кроме подключения js, css еще нарисовать каркас в страничке
2) можно сделать, чтобы разметка создавалась js-скриптом, т.е. примерно так
function msg( content ) {
// создаем разметку окна, назначаем обработчики
// (закрытие окна) и присоединяем окно к документу,
// если еще не сделали этого (можно создавать каркас
// один раз, а потом просто менять содержимое)
// подставляем содержимое (content)
// показываем окно
}