[Aetae]

Aetae. Чем, в данном варианте, перебор с конца, отличается от перебора с начала? Просвятите пожалуйста. В данном варианте, я разницы не наблюдаю.

var str = "D=13123&D=13123&A=1111&D=13123&D=13123&B=2222&D=1 3123&C=3333&D=13123&D=13123",
    strArray = str.split("&"),
    i = strArray.length,
    toRemove = ["D=", "B=", "C="];

while(i--) {
    for(var l = toRemove.length; l--;) {
        if(~strArray[i].indexOf(toRemove[l])){
            strArray.splice(i, 1);
            break;
        }
    }
}
alert(strArray.join('\n'))

Тоесть единая истина это перебор с конца ? )) Вздор, это лично ваши предпочтения.

По большей части да - мои предпочтения. Но не на пустом месте:
1. Запись лаконичнее.
2. Перебор часто используется совместно c удалением\изменением элементов как массивов так и dom и при обратном переборе вообще не надо задумываться об изменениях длины и прочего.(пример прямо сверху).
3. Тесты некогда показали, что обратный перебор dom немного быстрее. Как сейчас в принципе не важно уже.)
4. ...
5. Profit!