[bret]

Обработчик onsubmit требует ответа немедленно, он не будет ждать, когда отработает ваша функция анимации. Первое, что пришло в голову:

var forcedSubmit = false;

$('form').submit(function() {
    //* пора отправить форму
    if(forcedSubmit) {
        return true;   
    }
    
    if(условие1) {
        //* условие для отправки формы не выполняется
        //* что-то делаем   
    } 
    ...
    //* тут целая куча ваших условий
    ...
    else {
        //* условие для отправки формы выполняется
        $('div').fadeIn(5000, function() {
               forcedSubmit = true;
            $('form').submit();
        });
    }
    return false;
});