Недавно отвечал на подобный вопрос. Нужно просто дать имена элементам формы вроде myfield[] - таким образом на стороне сервера можно получить массив (в php точно):
$fields = $_POST['myfield']; var_dump($fields);// array
Если среди элементов есть чекбоксы, то придется проставлять индексы
myfield[1], myfield[2] и тд. Причем добавление строки обычно организовывается как клонирование уже существующей (row.cloneNode(true) ) а не через innerHTML.