1) Программно вызванные события не влекут за собой действия по умолчанию. Это значит что если вызвать клик по ссылке - перехода не будет. И если вызвать событие keypress, то символ не напечатается. И это не бага, это - стандарт.
2) Сомневаюсь что jquery вызывает dispatchEvent. Впрочем можно затестить:
<script src="//code.jquery.com/jquery-latest.js"></script>
<script>
document.addEventListener('keydown', function() {
alert('Element.addEventListener');
});
$(document).keydown(function(){
alert('jQuery.keydown');
});
var e = jQuery.Event("keydown", { keyCode: 9 });
$(document).trigger(e);
</script>
Как видим, метод trigger всего лишь вызывает обработчики, навешанные через jQuery - то есть это уж тем более не повлечет каких-либо действий браузера
)