О, Вы знаете, я локализовал проблему..
Дело именно в JS и моей, видимо, необразованности.
Ссылки как раз работают хорошо, даже в IE.
А вот из js кода..
Например:
document.location="one/two/"
Опера и Хром добавляют <base> и в JS код, а IE не хочет.
Как Вы считаете, каков выход?
Создать переменную и вставлять во все ссылки из js-кода?
var baselink = "http://localhost/project/"
document.location = baselink + "one/two/"
Подхода проще нет?