пока есть идея проверять это такой функцией. Когда элемент существует в доме, то el.parentNode.parentNode.итд. рано или поздно доберётся до document.body. У удалённого элемента проход по el.parentNode никогда нарвётся на document.body
function is_el_real(el){
var el_p = el.parentNode
while(el_p) {
if (el_p == document.body) return true
el_p = el_p.parentNode
}
return false
}