[OklickSpb]

проверяй, есть ли родитель и если его нету, то показывай фигу юзеру )
Как понимаю проблема в том, что при закрытие браузера у тебя 2 окна открыто, родитель и второе окно. Браузер их сохраняет у себя. И при открытии просто восстанавливает их. Но сами то страницы не знают ничего о предыдущем сеансе)

А можно ли сохранить каким нибудь образом ссылку на window.open в сессии php?
ну вот например так:

function send(data){
   var params = 'directories=0, menubar=0, toolbar=0, location=0, width=520,height=420,toolbar=1,scrollbars=1';
   OnlineConsultantWindow = window.open("http://testtools.ru/tested/test396/chat.php", "ChatWindow", params)

   $.ajax({
      type: "POST",
      url: "http://testtools.ru/tested/test396/set.php",
      data: "test="+OnlineConsultantWindow,
      success: function(trest) {
   }
});
}

вот php:

<? 
 session_start(); 
 if (!isset($_SESSION['set'])) $_SESSION['set']=0;
 $_SESSION['set'] = $_POST["test"];
 print_r($_SESSION['set']);
?>

У меня конечно не получилось сохранить, но может кто то знает как это сделать?