[Aetae]

Вариант от zebra лучше, но так няшнее:

function gap(str, separator) {
  return str.replace(/\d(?=(?:\d{3})+\b)/g, "$&" + (separator||' ')) ;
}
alert([gap("прапрапр 50000 рпвр 5999 вопр", ','), gap("1234567890"), gap("123456789", '-')]) ;

Вариант от Hekumok ошибочен в {0,3}, ибо:

function gap(n) {
  return n.replace(/\d{0,3}(?=(\d{3})+$)/g, "$&-") ;
}
alert(gap("123456789")) ;