если будете обращаться к одной переменной, то может и будет конфликт.. а если не будете то и конфликта не будет..
var a = 0;
setInterval(function()
{
a = 5;
}, 4000);
setInterval(function()
{
a = 10;
}, 3500);
setInterval(function()
{
console.log(a);
}, 1000);
здесь будет конфликт. переменная будет менять свое значение то на 5 то на 10