Может, не успевает загрузиться страница? Вот так все работает:
<!-- test.html -->
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<meta http-equiv="content-type" content="text/html; charset=utf-8">
<title>Test</title>
<script src="http://code.jquery.com/jquery-2.0.0.min.js" type="text/javascript" charset="utf-8"></script>
<script type="text/javascript" charset="utf-8">
$(function () {
$('button').click(function () {
newWin = window.open('test2.html','win_name', 'menubar=yes,resizable=yes,scrollbars=yes,status=yes') ;
setTimeout(function () {
$(newWin.document).find('form:first').submit();
}, 2000);
});
});
</script>
</head>
<body>
<button>Тест</button>
</body>
</html>
<!-- test2.html -->
<form action="test2_submit" method="get" accept-charset="utf-8">
<p><input type="submit" value="Continue →"></p>
</form>