[Aetae]

А я говорю - меняется:

array = [[15,2,-5],[1,2,4],[15,0,1],[15,11,5]]

function Dublicates(array) {
            var dubl = [];
 
            for (var i = 0; i < array.length; i++) {
                for (var j = i + 1;  j < array.length; j++) {
                    if (array[i][0] == array[j][0]) { // search for the same account numbers
 
                        dubl = array.splice(j, 1); //массив из удаленных элементов
                       
                    };                  
                };
            };
           
            return dubl; // возвращает массив из удаленных элементов
            
}
alert(array)
alert( Dublicates(array) )
alert(array)

Читаем про то, как работает splice.