Может я не совсем понял проблему?
Чтобы удалить физически элемент, его нужно поместить например в div, и свойству innerHTML дива сделать = "".
<div id="del_div">ЗДЕСЬ ВАШ ФРЕЙМ</div>
Удаление элемента(фрейма)
document.getElementById('del_div').innerHTML="";