MSiUzaQ,
Вариант ...
<!DOCTYPE HTML>
<html>
<head>
<title>Untitled</title>
<meta charset="utf-8">
</head>
<body>
<script>
var str = prompt("Ваше предложение", "мама мыла раму мылом"), out = "", str2 ="", n = 0;
for (var i=0; i<str.length; i++) {
if(str.charAt(i)==" ") {str2+=" "+out;out="",n++}
else if(n%2)out= str.charAt(i)+out;
else out+= str.charAt(i)
}
alert(str2+" "+out + "\nСлов "+ ++n)
</script>
</body>
</html>