[iMegaMaxmaxmaximus]

И как мне получить 2 отдельных инстанса

в идеале тебе вообще ничего не нужно получать, система должна состоять из отдельно живущих модулей и самодостаточных без внешнего воздействия) НО, на всякий случай я оставил это:

Модулям можно давать айдишники, айдишники уникальны для всех типов модулей. Айдишники пишутся через решетку после обьявления модуля

<script>
ui.module['Menu'] = function(module) {

  this.say = function(){ alert('say') };

};
</script>


<div ui="Menu#myMenu"></div>


<script>
  ui.myMenu.say() //тут наш инстанс лежит по айдишнику
</script>