Читайте туториалы DOM. Всё, что вам надо сделать, это сделать removeChild() для этого элемента <script>, а затем, создав новый вставить его через appendChild(). Это будет выглядеть примерно так (возможны ошибки, поэтому лучше сами прочтите материалы по этой теме):
var scriptElement = document.getElementsByTagName('script')[0];
var newScriptElement = document.createElement('script');
// Выполняем действия с новым элементом скрипт:
newScriptElement.type = 'text/javascript';
if(scriptElement.parentNode)
{
var scriptParent = scriptElement.parentNode;
scriptParent.removeChild(scriptElement);
scriptParent.appendChild(newScriptElement);
}
Пока писал мне пришла в голову идея лучше. Собственно, зачем вам вставлять тег скрипт через javascript в тело html? Если только для того, что бы выполнить модифицированный код, то воспользуйтесь функцией
eval(), например так:
var scriptElement = document.getElementsByTagName("script")[0];
var scriptContent = scriptElement.text;
// ... Тут выполняем действия с scriptContent ...
eval(scriptContent);
А если вам нужно "хранить" этот скрипт, то подходящим контейнером не обязательно должен быть какой-то элемент html, храните её в переменной.