Понятное дело - лого скрыли - события увода курсора - не произойдёт
Нужно обрамлять в div c фиксацией размера
<script type="text/javascript" src="http://yandex.st/jquery/1.4.4/jquery.min.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
$(".wrp").mouseenter(function (){
$("#logo").stop(true,true).css({"background-color" : "green"}).fadeOut(1000);
}).mouseleave(function(){
$("#logo").stop(true,true).css({"background-color" : ":blue"}).fadeIn(1000);
});
});
</script>
<div class=wrp style="height:67px;border:red solid 1px">
<div id="logo" style="padding:20px;background-color:blue;font:700 22px/normal Tahoma;">LOGO</div>
</div>